ChIP- seq Overview比chip、chip seq提供了更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围 。如何解读chip- seq数据随着学科的发展，目前很多研究都涉及高通量数据分析(高通量数据分析)，atacseq(Assay for targeting Accessible chrominan high throughseqUecing)是一个开放区域 ， 用于检测整个基因组中的染色质 ， 以获得蛋白质的潜在结合位点，它不依赖于抗体，可用于寻找感兴趣的转录因子及其靶基因的结合区域 。
1、易基因|ChIP- seq技术简介染色质免疫沉淀测序(ChIP seq)是一项针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术 。由于第二代测序技术的巨大进步，ChIP seq比其原始版本ChIP chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更广的覆盖范围 。随着测序成本的降低，ChIP seq已经成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具 。原理:甲醛处理的细胞将目的蛋白与DNA交联，交联的染色质被超声波断裂成小片段，一般在200600bp范围内 。
最后对纯化的DNA进行去交联，PCR扩增，高通量测序 ， 最后与现有基因组序列对比，确定DNA结合蛋白的序列 。问题分析: 1 。甲醛交联对后续结果有什么影响分析？从OrlandoV等人最早发明芯片技术开始 ， 十几年过去了 ， 核心步骤并没有太大变化 。但是ChIP seq technology其实是有一些缺陷的 ， 比如甲醛交联 。
2、ChIP-Seq数据挖掘系列-6:怎么选择HOMMER结果中的motifHOMER是一套用于模体搜索和二代数据的工具分析 。Hommer结果通常包含已知的基序富集，也将从用户提供的序列中预测基序 。很多同学得到这个结果后都很不解 。HomermotifResults虽然排序了，但是第一个可能不是用户期望的，后面的结果可以选择 ， 但是如何评价和选择这些结果呢？
所以YY1motif在用户的数据中并不是一个完整的丰富的模体，所以这个结果不太可信 。在许多情况下，HOMER结果具有显著的p值，但基序并不好 。因此 ， 用户在选择模体时要注意以下原则:复杂度低的模体序列的核苷酸倾向于同一核苷酸，导致GC含量异常 。当目标序列与背景库中的序列存在系统性偏差时，就会导致这样的结果 。
【chip-seq结果分析】
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