锐客网

  1. 首页 > 睿知 > >

ballgown结果分析

经验分享睿知

差异表达分析方法包括:基于读取次数:DESeq、limma和edgeR；基于组装技术的:Cuffdif和ball groove；；基于无比较的定量方法(kallisto，Salmon ， sal fish ): Sleuth 。limma、DESeq2和edgeR 分析的差异以及绘制韦恩图的不同时空、不同条件下基因的差异是RNAseq 分析的重要目标 。

1、HISAT2 STRINGTIE 分析转录组数据 1 。基因组索引的构建 。2.序列比对，将cleandata与参考基因组进行比较 。创建files目录 ， 在files下创建samples.txt文件，并将samples.txt文件中的示例名称逐行写入/files目录中 。第三，组装转录本，定量表达基因 。第四，将特殊抄本合并比较到files目录下新创建的mergelist.txt文件中，将文件写入上一步生成的每个gtf的完整路径中 。
【ballgown结果分析】
2、转录组表达差异 分析在无生物学重复的情况下可以使用什么软件转录组测序如何得到最终均值1 。区分生物重复和技术重复生物重复:指样本重复，比如三只小鼠，同时做一个处理，即三次生物重复 。技术重复:一般是三次实验，比如对一块组织提取三次RNA，做三次realtime 。2.建立生物复制的意义由于新一代测序技术的优越性和高成本，“生物复制”的重要性一度被忽视 。
3、Stringtie的使用本文用于个人学习，全部摘自StringTie说明书中译本:Stringtie说明书参考链接:Stringtie说明书中译本的基本用法:Stringtie在不同时空、不同条件下的不同基因分析是RNAseq 分析的重要目标 。差异表达分析方法包括:基于读取次数:DESeq、limma和edgeR；基于组装技术的:Cuffdif和ball groove；；基于无比较的定量方法(kallisto，Salmon ， sal fish ): Sleuth 。

    推荐阅读


    上一篇：佳能有发布新镜头吗知乎 佳能有发布新镜头吗

    下一篇：horspool算法分析